慈恩寺位于辽宁省沈阳市沈河区南大街三段,东临万泉河,有万柳塘公园、带状公园环绕,优雅而清净。该寺始建于唐朝,重建于后金天聪二年(1628年),寺内碑文有载“天聪二年复兴古刹”云云,清顺治元年(1644年)建成大殿、韦驮殿、两廊。后因年久失修而洇没。民国元年(1912年),步真和尚主持重修,先后建山门、天王殿、配殿、钟鼓楼、禅堂、念佛堂、两廊、比丘坛。民国八年(1930年)最后完成大雄宝殿。
寺院坐西朝东,院内建筑分三路,占地约12600平方米,正面有山门三楹,小式硬山造,灰瓦顶。跨过山门,南侧为钟楼,北侧为鼓楼,均为歇山九脊灰瓦,楼亭为二层围廊,下为方形基座。往西则寺分三路。中路最前为天王殿,面阔三间,小式硬山造,灰瓦顶,朱红地仗,檀枋彩画,殿前檐下左侧置木鱼,右侧置云版,殿内有四大天王和弥勒、韦驮塑像,殿面北两侧有卷棚式门楼。向西依次为大雄宝殿、比丘坛、藏经楼。大雄宝殿面阔五间,进深三间,庑殿顶,前后廊,檀枋彩画,建在高台之上。 殿内前面正中供奉三世佛,后面正中为航海观音,南面为十八罗汉,北面为四大菩萨。比丘坛,单檐歇山前廊式,灰瓦顶,面阔三间,进深三间,正脊上装有“法轮常转,国泰民安”文字砖,两端有鸱吻,垂脊上有走兽,殿内供木雕释迦牟尼佛像。最后为藏经楼,两层硬山前廊式,面阔七间,楼下为客厅、禅房,楼上存经卷,原藏有明正统五年(1440年)木版藏经1600卷,弥足珍贵。
寺院南路自东而西有退客寮、厨房、司房、齐堂、禅堂、法师寮、佛学院等;北路建筑有养静寮、客堂、念佛堂、方丈室、十方堂、库房等。全寺共有房屋135间,建筑面积达2995平方米。
慈恩寺是沈阳最大的佛寺,有“十方丛林”之称。清朝顺治五年(1648年)春末夏初,从京都押来一个南方和尚,是钦犯,法名函可,字祖心,号剩人,他就是慈恩寺最有作为的剩人和尚。和尚原是江南名士,俗姓伟,广东博罗人,是明末礼部尚书韩日缵之子。他早年曾中秀才,29岁时父亲故去,便在罗浮山落发为僧。有一次他在南京印刷藏经,正赶上清军南下,目睹那些曾经作威作福的明朝达官贵人非逃即降,人民深受战乱之苦,他痛心疾首,遂写了《再变记》一书,记述了清军进犯南京的实况。不料当他出城返寺时,此书被清兵搜出,遂成一椿要案,剩人因此被押在京师受审,后来被流放到盛京,敕住慈恩寺,成了身陷清朝文字狱的第一人。
剩人和尚在盛京和一些文人儒士交游谈心,于顺治七年(1650年)组织了一个“冰天诗社”,这是沈阳最早的一个文学团体。文人们常在一起吟诗作赋,相互唱和,活跃了文坛气氛,有一年盛京从春到夏,天旱无雨,城内外瘟疫四起,死亡人数众多,大街小巷一片萧疏,剩人和尚率全寺僧人去郊外采摘草药,诸家施送,劝人钦服,使许多病人转危为安,因此他在百姓中声誉甚高。他还在盛京许多寺庙中宣扬佛法,被奉为辽沈地区佛教开山祖师,顺治十六年(1660年),他坐化于沈阳,终年49岁,众弟子将其遗体迁往千山,在璎珞峰西麓修建了剩人禅师塔,并将其诗文编辑成《千山诗集》、《剩人禅师语录》刊刻问世。
1949年以来,慈恩寺一直为省市佛教协会所在地,殿堂经过多次维修,已恢复原貌。1985年被列为沈阳市文物保护单位,1988年又被列为辽宁省文物保护单位,现为沈阳市佛教协会所在地。