都兰寺全称“噶丹桑阿玉仁佩林”,意为“具喜密宗增益洲”,因位于都兰河畔故俗称都兰寺。其历史最早可追溯到元世祖元年(1271年)。据说当时有位叫阿嘉措的禅师隐目在塔延森林中坐禅,相传他很有法术,信仰藏传佛教。其后相继有索南嘉措、元丹嘉措、罗桑桑丹、罗桑益希、罗桑阿旺毛兰木等颇有名气的五位禅师,次第在这里坐禅,至今在塔延森林中尚存几十处禅房遗址。明万历六年(1578年)三世达赖喇嘛索南嘉措与俺答汗的会晤,促进了藏传佛教在蒙古族中的广泛传播。明万历十一年(1583年),三世达赖喇嘛索南嘉措又到塔尔寺讲经。此时,道希汗禅师专程到塔尔寺朝拜,得到三世达赖喇嘛准许,在塔延山口修建了一所静虑室(禅室),这就是都兰寺的雏型。
明崇祯七年(1634年)霞巴丹津呼图克图来到塔延山口静虑室主持寺院佛事。清顺治元年至四年(1644-1647年)间由他在静虑室的基础上修建了一座正规的格鲁派寺院,这就是闻名于青海蒙古族地区的都兰寺,霞巴丹津呼图克图后来历辈转世封号为丹津呼图克图,成为该寺寺主。
清康熙二十六年(1687年),从二世丹津呼图克图楚臣嘉措起该寺实行时轮修供仪轨,并增设了时轮经院,扩大了寺院规模,从清雍正三年(1726年)起,清朝政府对青海蒙古实行编旗制。清雍正十三年(1735年),当地蒙旗首领入京朝拜清世宗,世宗皇帝高度赞赏了都兰寺的佛事活动,并赏赐了一对木制竖匾和在黄缎子上用金汁书写的奖状,以及扶持该寺佛事活动的银币等。清乾 隆元年至三年(公元1736-1738年)间,在该寺大院内修建了一座四合院王府,俗称“供老爷庙”,从此左翼各王公台古都相继于此寺设立行署。当时该寺有属民1600余户,并有500余户藏汉民户加人蒙古族籍。民国17年(公元1928年)都兰理事改为都兰县,设都兰县衙,设置防军于该地。这里为左翼盟各旗互市之所,商务甚盛。该寺在柴达木30余处佛寺中最为著名,有僧众1000余名,房300余间,和一座36根柱子的大经堂。寺院阿拉巴特属(民)200余户有数千只牲畜,以牧猎捞盐为生。据说该寺对佛法及经典的理解,较东部各寺为高深,故常有高僧出现,如当时在安多地区称为索南三尊者之一的索南达娃,就是该寺时轮院中的高僧之一。此外原静虑室的100多名道行高深的禅徒在家潜修,人们称为仁增巴(持明者)。
清乾隆末年六世班禅罗桑贝丹意希去北京时路过都兰寺,祈祷天下太平,众生安居乐业。咸丰元年和清光绪二十二年(公元1896年)该寺曾两次受到严重破坏,除大经堂外,其它大部分房屋被烧毁,寺内保存的珍贵文物及历史书籍也化为灰烬。
民国6年(公元1917年)由八世丹津呼图克图罗桑丹贝尼玛重建都兰寺,不久修复。民国年间苛捐杂税日甚,民族械斗日益增多,牧民群众生活困苦,寺院的收入减少。民国21年住寺阿卡由1919年的40人减少到20余人。直至解放,住寺僧侣一直仅20余名,其中活佛2名;房屋114间,其中,28根柱子的经堂2座,36间,僧客房40间,拉让(活佛住宅)5间,厨房5间,时轮大塔周围的嘛呢房28间;牲畜250余头,耕地300余亩。水磨1盘。生活比较富裕。
1955年起,由八世丹津呼图克图(清王朝对大活佛的封号)主持,扩建都兰寺,建成有30根柱子、两层楼房的大殿,共32间,其下院为僧舍,共15间,另外,专修烧施堂1座,共9间,上下两院共有56间。当时,有一僧侣136名,新旧2座寺院共有房屋170间。其中,68间的3座经堂,9间的一座烧施堂, 50间的僧客房,28间嘛呢房,10间厨房,5间拉让。牲畜700余头,耕地300余亩,水磨1盘。
都兰寺50年代末被拆毁。1979年之后,八世丹津呼图克图在热心僧众的积极参与、支持和信教群众的积极帮助下,重新恢复了都兰寺,恢复后的都兰寺有僧侣46名,房屋87间。其中,20根柱子的经堂1座,共12间,其周围有18间嘛呢房;僧客房9间,厨房2间,时轮大塔1座,周围有24间嘛呢房;新建上下两院的拉让1座,拉让内供有多闻天王,兄妹护法,天王身等卷轴画像。上院为砖木结构的两层楼房,共10间。上层殿内供有释迦牟尼佛像,端坐正堂,两侧侍立着他的两位大弟子,即合利佛和目健连,宗喀巴师徒三圣像皆为镏金铜像,各高约5尺许。一侧依次供有药师八如来塑像,以及智慧之神文殊菩萨像;另一侧供有格鲁派创始人一代宗师宗喀巴大师镏金塑像,高约4米,两侧塑像为大师的两大弟子即甲曹杰和克主杰,各高约7尺,藏文史籍中常称其为“师徒三圣”。殿堂两侧书龛中供有整套用金汁写成的《甘珠尔》大藏经,全套共108函,每函约重六七十斤。据说,一只雄健的骆驼也只能驮四函。此外尚有1部金汁书写的《般若八千颂》。历史上,这两套佛经被公认为青海境内珍藏的精品。墙壁两侧还供有许多精制的宗喀巴小镏金铜像,据传有千尊之多。殿内还供有历辈丹津呼图克图的银制舍利塔。此外殿内还珍藏有许多藏传佛教所独有的艺术珍品卷轴画,如千手千眼观世音像,密宗事部三怙主、集密、胜乐、怖畏金刚等密宗本尊像,以及大黑天、阎罗王、吉祥天女等各路护法神像。楼下供有宗喀巴师徒三圣像,高约2尺。正中为六世班禅贝丹意希的法座。下院为客房,共12间。现在寺院宗教生活正常,一年四季前去朝拜的蒙古族信佛群众络绎不绝。